Idealmente, você deve criar um script do Nautilus para executar essa tarefa. Um script do Nautilus é uma maneira bem definida de executar tarefas complexas no GNOME.
Para mais informações sobre scripts do Nautilus com exemplos, consulte link
Você gostaria de ver os scripts de gerenciamento de arquivos em link
Aqui está o que você precisa,
#!/bin/sh
# Author : Your Name <[email protected]>
# Date : 01/01/2011
# depends: none
# version 0.1
# This script copies a file to a specific directory
# Copy this script in your ~/.gnome2/nautilus-scripts directory
cp $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS /home/myuser/mydirectory/
exit 0
A beleza disso é que você pode selecionar vários arquivos e ainda funciona.
Se você quiser algo um pouco mais complexo do que isso, veja link