As permissões do Linux (para proprietário, grupo, mundo) são orientadas pelo ID do usuário e pelo ID do grupo. Se você configurar seu novo sistema com os mesmos UIDs e GIDs (os dois números que seguem o "x" no campo de senha em / etc / passwd), você deve conseguir mover os discos entre os sistemas sem problemas.
Quanto à criptografia, depende de como você faz isso. Você tem a chave de criptografia, ou o software de criptografia gera algumas das chaves dinamicamente com base em alguma configuração do sistema? Se você controlar a chave, não há problema em mover discos. Caso contrário, talvez essa criptografia tenha sido projetada para impedir a movimentação de discos com facilidade.