Qualquer coisa que você fizer no software para mitigar o problema só vai restringir sua capacidade de usar e aproveitar totalmente sua CPU (exceto para aumentar a velocidade do ventilador, se isso for possível). Esta é uma falha de hardware, no design térmico do laptop.
Embora fora de alcance em um site como este, estou falando sobre garantir que os ventiladores estejam girando, o ar pode fluir em volta do laptop (não está em uma almofada ou cama), a CPU está corretamente ligada ao dissipador de calor ou qualquer outro condutor térmico usado com pasta térmica adequada, não há acumulação de poeira que impeça o movimento do ar, e assim por diante.
Mas é um fato triste que alguns laptops sejam projetados de forma inadequada para resfriar uma CPU, caso ela veja um uso pesado, contando com o afogamento para compensar o design ruim.