Estou executando configurações de inicialização dupla há mais de três anos, em duas máquinas diferentes (laptops), com:
- Windows 8.1 ao lado do Ubuntu 12.04
- Windows 8.1 ao lado do Ubuntu 14.04
- Windows 10 ao lado do Ubuntu 14.04
- Windows 10 ao lado do Ubuntu 16.04
Até agora, não tive nenhum problema com atualizações e atualizei regularmente o Windows e o Ubuntu.
Em uma das máquinas, até fiz a atualização (então gratuita) do Windows 8.1 para o Windows 10 e tudo ainda funciona bem.
EDITAR:
FWIW Eu nunca usei a opção "instalar junto com outro sistema operacional" durante a configuração do Ubuntu, mas preferi criar manualmente o esquema de partição. Obviamente, se você optar por fazer isso, você deve ter o cuidado de não apagar a partição do Windows.
Os dois problemas que tive durante a utilização de uma configuração de inicialização dupla foram:
- Conflito do relógio do BIOS . O link também fornece uma maneira fácil de corrigir esse problema.
- Problema na montagem de partições que também são usadas pelo Windows. Isso pode ser facilmente resolvido desativando a opção Inicialização Rápida no Windows.