Como afirmado acima, sudo su
eleva seus privilégios e você está basicamente executando o comando como root. Apenas usando sudo
sem o su
fará o mesmo. Você também pode tentar executar o seu comando como tal:
pip3 install --user numpy
Isso instalará o pacote em sua conta e não no ambiente python do sistema. Eu recomendo que você leia em ambientes virtuais para instalar quaisquer pacotes / módulos adicionais desde que os instalou o ambiente do seu sistema python pode estragar as coisas.