Não, não deve, desde que suas atualizações sejam de um repositório ou PPA e você tenha instalado o SeaMonkey como um pacote. Se esse for o caso, o pacote será atualizado normalmente, embora você possa (ou não) ter que recriar sua falsificação após uma atualização (se apenas para refletir a versão mais recente para evitar bloqueios de segurança).
Se você criou o SeaMonkey a partir do código-fonte ou fez o download dele como tarball (.tar.gz ou .tar.bz), é necessário atualizar manualmente mesmo assim, independentemente da falsificação.