Os dois trabalhos são complementares e o relacionamento é descrito no cron job (16.04 e mais recente):
# Systemd systems use a systemd timer unit which is preferable to
# run. We want to randomize the apt update and unattended-upgrade
# runs as much as possible to avoid hitting the mirrors all at the
# same time. The systemd time is better at this than the fixed
# cron.daily time
No Ubuntu 16.04 e nos sistemas mais recentes, o temporizador systemd é o trabalho importante. Faz todo o trabalho pesado. O cronjob legado simplesmente aciona o timer do systemd, caso, por algum motivo, ele tenha sido interrompido.
No Ubuntu 14.04 e em sistemas mais antigos (não-Systemd), o sistema funciona de forma bem diferente: o cronjob aciona uma execução de atualizações automáticas.