Na verdade, conversei com alguém da DigitalOcean e eles explicaram que, quando ocorre uma atualização, o nó pode ser saltado de um supervisor para outro.
Para que seus nós funcionem, eles precisam acessar o nó em execução e usar essas chaves. Cada supervisor fará uso de chaves diferentes. Então, apenas um salto forçará a regeneração de novas chaves.
Portanto, o fato de a chave ter mudado é benigno no que diz respeito a nós, embora seja problemático quando você tem processos automáticos que contam com essas chaves para nunca mudar.