Ok, eu encontrei parte da solução:
Abra /usr/share/themes/Clearlooks/metacity-1/metacity-theme-1.xml
e modifique os valores right="1" top="2"
na linha que diz
<frame_geometry name="normal" ...>
...
<border name="button_border" left="1" right="1" top="2" bottom="1"/>
</frame_geometry>
Isso corrige os problemas dos botões.
No entanto, este NÃO funciona para o quadro da barra de título! Se eu for ao topo da barra de título de uma janela maximizada e clicar duas vezes nela, ela não alterna a maximização. Eu preciso mover o mouse por alguns pixels para fazer isso.
Se alguém souber como consertar essa parte também, será ótimo! Caso contrário, esta é a minha melhor resposta até agora.