Aqui está como eu faço em 11.04. Espero que seja o mesmo para você.
Vá para o gerenciador de configurações do Compiz- > Gestão de janelas - > Coloque o Windows - > Posicionamentos fixos do Windows. Na seção "Windows com viewport fixo", clique em Novo. Clique em "+". Clique em Agarrar e, em seguida, clique na janela que você deseja colocar no descktop específico. Clique em "Adicionar". Defina o valor de "X Viewport Positions" para o número da área de trabalho desejado. Isso é tudo.