Se você não quer bagunçar o matplotlib que você já instalou no Anaconda, você pode instalar a segunda instância do matplotlib dentro de um ambiente virtual do Python ( virtualenv ) ao lado do matplotlib que está instalado em Anaconda. Instalar o Jupyter, o matplotlib e tudo o que você precisa com o pip é fácil e direto no virtualenv.
virtualenv permite criar um ambiente de área restrita e isolada onde os pacotes do Python podem ser instalados sem interferir em outros pacotes na mesma máquina.
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Instale o criador do ambiente virtual Python ( virtualenv ):
sudo apt install python-virtualenv virtualenv
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Crie um novo diretório (eu o chamarei PythonVirtualEnv neste exemplo) para o ambiente virtual Python e configure o ambiente virtual Python com Python e pip nele.
cd ~ mkdir PythonVirtualEnv virtualenv PythonVirtualEnv
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Instale alguns pacotes.
cd ~/PythonVirtualEnv source bin/activate pip install jupyter matplotlib
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Desative o ambiente virtual do Python antes de sair dele.
deactivate
Criando um ambiente com um interpretador Python personalizado
sudo apt install python3-virtualenv
cd ~
mkdir Python3VirtualEnv
virtualenv --python=/usr/bin/python3 Python3VirtualEnv # /usr/bin/python3 is the default location of the python3 executable
cd ~/Python3VirtualEnv
source bin/activate
pip3 install jupyter matplotlib