Duas coisas para tentar (a partir da linha de comando):
Primeiramente:
fromdos filename.tex
(requer o pacote tofrodos).
Em segundo lugar:
iconv -c -f UTF-8 -t UTF-8 filename.tex > filename-copy.tex
Isso deve remover qualquer caractere não compatível com UTF-8.
(Você também deve seguir o conselho da outra resposta sobre colocar \usepackage[utf8]{inputenc}
em sua fonte .tex).