Acho que a maneira mais fácil é desligar (desconectar) a unidade interna do seu computador. Em seguida, o instalador não pode selecionar automaticamente a unidade interna, o que é um problema no modo UEFI. Então você pode instalar 'como você tem feito antes' (e desta forma ele deve funcionar no modo UEFI também).
Uma outra alternativa fácil é começar a partir de um arquivo de imagem compactado que você clona na unidade USB de acordo com o seguinte link,
help.ubuntu.com/community/Installation/UEFI-and-BIOS
Esta alternativa também funcionará se você não estiver disposto a desconectar a unidade interna.