OK, então resolvi meu problema. Eu tentei reinstalar a unidade usando
sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop
que baixou apenas 3k de bytes e após o sudo reboot
os problemas aparentemente desapareceram.
Após o reinício, também recebi um aviso sobre o instalador de fontes mscore ttf e depois de tentar consertar isso também parece que tudo voltou ao normal ...
Estou quase convencido de que vinho quebrou alguma coisa (especialmente após upgrade da vitória estável 1.6 para o desenvolvimento de vinho 2.1).
Espero que isso ajude alguém tentando a mesma atualização de vinho e lutando com problemas semelhantes depois ...