O SMPlayer 17.10 parou de usar alguns filtros de áudio e vídeo que foram preteridos nas versões recentes do mpv e agora usa novos. Infelizmente a versão do mpv no Ubuntu 16.04 é muito antiga e não possui alguns dos novos filtros.
Solução 1: atualizar o mpv
Solução 2: vá para as preferências do SMPlayer e desative o equalizador de áudio e as opções de normalização de volume. E não use nenhum dos filtros de áudio do menu de áudio.