Instale o arandr. Execute isso. Diga-nos se ele vir dispositivo vga e pode ativar.
Outra ideia. execute o nvidia-settings e procure pelo setter principal. Eu não vejo problema que você descreve muito quando eu especifico intel como dominante.
Geralmente, vejo muito menos frequentemente depois de atualizar o kernel para 4.8. O problema foi grave em 16,04. Estou executando o post 16.10 devel pacotes também para x11.
Se você ainda luta, pode precisar violar sua versão do driver nvidia. Se você escrever de volta, forneça números de versão sobre tudo o que eu mencionar ...