A resposta curta à sua pergunta é não, você não pode criptografar todo o disco depois que o Ubuntu foi instalado.
Existem maneiras de fazer o que você quer .... por exemplo, criptografá-lo usando o Trucrypt, mas a maneira mais fácil e mais limpa é simplesmente fazer uma instalação limpa.
Você pode ver o seguinte tópico, mas depois de lê-lo você pode concordar que fazer uma reinstalação limpa é a melhor maneira de realizar o que você deseja. Ativar a criptografia de disco após a instalação