emacs-snapshot é uma versão de desenvolvimento do Emacs. Ele tem mais guloseimas, mas provavelmente também mais bugs, então use-o por sua conta e risco. Os outros são versões lançadas; a única razão pela qual posso pensar em não instalar o mais recente é se você tiver muito pouco espaço em disco.
O pacote emacs depende de emacs23 (você pode ver as dependências em qualquer ferramenta de administração de pacotes).
Os programas Gtk não usam recursos do X ( .Xdefaults ). Versões não-gtk (mas X) do Emacs fazem.