A partir da descrição da pergunta, parece que você está executando mongod de sua própria conta (usuário: makan ).
Sua chamada de mongod sem especificar um arquivo de configuração ou --dbpath exigiria que esse usuário tivesse permissões de leitura / gravação para o diretório dbpath padrão ( /data/db ). Como /data/db é apenas gravável pelo usuário mongodb , um erro de permissão é esperado quando mongod tentar gravar um arquivo em execução com as permissões de makan :
arquivo de bloqueio: /data/db/mongod.lock errno: 13 Permissão negada É uma instância do mongod já em execução ?, terminando
A maneira usual de iniciar / parar mongod está usando a definição de serviço, que é executada como usuário e grupo mongodb via sudo service mongod start .
O serviço usa um arquivo de configuração ( /etc/mongod.conf ) e um diretório de dados ( /var/lib/mongodb ) que já deve ter as permissões corretas após a instalação.