O comportamento que você descreve é intencional. Pastas padrão vazias são simplesmente renomeadas, enquanto não vazias não são. O motivo é não quebrar os caminhos de arquivos antigos automaticamente. Novos arquivos salvos em ~/Desktop
acabarão na nova pasta.
Você pode mover facilmente os arquivos; uma forma de linha de comando para fazer isso é:
mv ~/Schreibtisch/* ~/Desktop
Quando você tiver certeza de que todos os arquivos foram movidos corretamente, você pode remover ~/Schreibtisch
.