Sim! Você deve ser capaz de copiar arquivos / pastas da sua pasta Home do Ubuntu para o Xubuntu sem quaisquer problemas. Os perfis Firefox e Thunderbird devem funcionar bem, pois tanto o Ubuntu quanto o Xubuntu usam a mesma versão (ou pelo menos muito próxima da mesma versão).
Para outras pastas, especialmente as ocultas, também é bom copiá-las. Você pode querer ter cuidado ao sobrescrever arquivos / pastas existentes, pois o Xubuntu pode ter algumas diferenças na configuração.
Como sempre, é recomendável fazer backup de sua pasta pessoal antes de instalar / reinstalar sistemas operacionais.