Eu tenho um problema semelhante a este bug: link
No entanto, esse bug foi marcado como uma duplicata para um bug que não é de todo o meu problema, fazendo-me pensar que este é um problema diferente.
Acabei de copiar alguns arquivos (pelo menos 5 minutos atrás) e meu dock ainda tem essa coisa feia: 
Clicando no ícone do Nautilus da figura acima, o Nautilus se abre imediatamente e se parece com isso: 
Isso acontece toda vez que eu copio arquivos, não importa se é um arquivo ou uma pasta.
Eu não posso para a vida de mim descobrir como fazer essa notificação "Finished Copying" desaparecer. Obviamente, clicar nessa marca não limpa a notificação (não faz nada). Navegar para outros diretórios não ajuda, já que esse pequeno botão de círculo de 100% permanece, e não importa o que eu faça, a barra de progresso no dock ainda está quebrada (até que uma sessão X reinicie).
Então, o que está errado aqui ou como devo tentar depurar isso?
Uma solução temporária para trazer de volta o antigo diálogo de cópia de janela separada também seria apreciado!
EDIT: o relatório de erros está localizado no link
Eu encontrei uma maneira feia de fazer isso desaparecer, mas envolve reiniciar o nautilus completamente, você tem que executar nautilus -q em um terminal.
É a coisa mais próxima de uma solução que eu poderia descobrir e você perderá todas as suas janelas abertas, mas essa barra de progresso no alt + tab e nos icos é realmente uma distração.