A capacidade de continuar a executar Upstart deve ser considerada temporária. Ao longo do tempo (ou já?) Alguns projetos que deixarão de fornecer scripts de inicialização do Upstart, assim sua transição para o systemd acontecerá eventualmente se você ficar no Ubuntu.
No entanto, o comando service continua a trabalhar com systemd no Ubuntu 16.04 e além, como fazia antes com o Upstart. Espero que este comando exista por um tempo.
Se sua principal preocupação é poder usar o comando service , não há necessidade de voltar para o Upstart para isso.