Digite sudo efibootmgr -v em uma janela do Terminal do Ubuntu para ver todas as suas entradas EFI em detalhes. As chances são de que as duas entradas ubuntu sejam diferentes, uma delas será inicializada com shimx64.efi e a outra inicializará grubx64.efi . Se a Inicialização Segura estiver desativada no seu computador, ambas as entradas funcionarão; mas se você habilitar o Secure Boot, as chances são apenas a entrada shimx64.efi funcionará. Não sei porque o Ubuntu registra as duas entradas, já que a entrada shimx64.efi deve funcionar se o Secure Boot estiver ativado ou não.
Em princípio, você pode remover uma entrada com efibootmgr -b #### -B , em que #### é o número hexadecimal associado à entrada que você deseja excluir. Eu vi relatórios do Ubuntu adicionando essas entradas, mas eu nunca olhei para o problema em detalhes.
No final, ter duas entradas ubuntu é inofensivo. Na pior das hipóteses, é um pouco de confusão extra quando você usa o gerenciador de inicialização do firmware ou precisa ajustar entradas com efibootmgr ou ferramentas similares.