Obrigado pela resposta @glennjackman, eu também fui bem sucedido em alcançar minha exigência com o seguinte código, é vulnerável no caso de a entrada mudar, mas será consistente manter a estrutura de diretório fixa e o formato de arquivo de arquivos xml do Magento em mente:
for filename in *.xml; do
if grep -q '<codePool>community</codePool>' "$filename"; then
if [[ $filename != *"Mage_"* ]]; then
sed -i.bak 's/<active>true<\/active>/<active>false<\/active>/g' "$filename"
fi
fi
done
Dessa forma, também consegui fazer o backup desses arquivos primeiro, que seriam modificados da maneira que eu queria.
Espero que isso simplifique as coisas e redirecione todas as pessoas possíveis para o uso de bibliotecas domésticas, em vez de instalar ferramentas de terceiros que não podem ser instaladas em redes SSH / VPN remotas.