Existem várias opções de exclusão com o rsync. Eles são e executam da seguinte forma:
--delete delete extraneous files from dest dirs
--delete-before receiver deletes before xfer, not during
--delete-during receiver deletes during the transfer
--delete-delay find deletions during, delete after
--delete-after receiver deletes after transfer, not during
--delete-excluded also delete excluded files from dest dirs
Com base nisso, meu palpite é que você está procurando pela --delete-excluded
switch
Nota: Se a unidade de destino já estiver cheia, provavelmente será necessário liberar algum espaço antes de iniciar o rsync novamente, caso contrário, ele ainda poderá falhar com espaço em disco insuficiente.
Você pode evitar totalmente esse problema escolhendo um alvo de tamanho suficiente para conter tudo o que deseja copiar.
Origem: man rsync