Sem mais detalhes seus, é difícil dar uma resposta mais específica do que "sim, é".
Embora seja possível criar scripts usando find e md5sum , será quase certamente mais fácil usar a opção --checksum de rsync no modo de execução seca (usando o --dry-run ou -n flag) como descrito aqui Verifique a integridade do backup com rsync, sed, cat e tee .
Como você copiou os diretórios de diversos locais, provavelmente será necessário fazer isso três vezes - uma vez para cada diretório de origem, por exemplo,
rsync -Pahn --checksum path/to/originaldir1/ path/to/newdir1/
rsync -Pahn --checksum path/to/originaldir2/ path/to/newdir2/
rsync -Pahn --checksum path/to/originaldir3/ path/to/newdir3/
(você pode ser capaz de automatizar isso de alguma forma, dependendo dos nomes de diretório e caminhos - mas para 3 dirs pode não valer a pena o esforço).
A saída consistirá em uma única linha para cada nome de arquivo cuja soma de verificação difere, por exemplo,
$ rsync -Pahn --checksum olddir/ newdir/
sending incremental file list
subdir2/file