Se você escolher "a opção de unidade inteira" ao instalar o Ubuntu na máquina virtual, isso não interferirá nas partições da unidade física do host.
A unidade inteira do sistema operacional convidado será confinada ao arquivo de disco virtual, armazenado em seu host em um arquivo com extensão .vdi
(juntamente com alguns outros arquivos de configuração para a máquina virtual, por padrão dentro da sua página inicial de usuário diretório VirtualBox VMs
subpasta).
Por padrão, o VirtualBox cria um arquivo vazio que crescerá à medida que o sistema operacional convidado gravar alterações. É possível alterar as configurações para alocar o tamanho total do disco virtual de uma só vez.
Quanto ao particionamento dentro da VM, você deve estar bem com os padrões sugeridos pelo Ubuntu.