Na verdade, você não precisa para limpar depois do Linux, ele exclui os arquivos temporários no desligamento. Esse comando apenas limpa a sua sessão atual. Se você estivesse executando um servidor ou algum hardware crítico que não desligasse, eu diria que não faria mal limpá-lo de vez em quando. Lembre-se, isso não é da Microsoft. :)
Quanto ao Ubuntu Tweak, nunca o usei, embora uma pesquisa rápida revele que ele não está mais sendo mantido. Pessoalmente, se um software não estiver mais sendo atualizado e suportado, eu me livrei dele.
Espero que ajude!