Exclua o arquivo /home/username/.config/menus/xfce-applications.menu
. Este arquivo é criado quando você usa o editor de menu. Depois de excluir o arquivo, todos os aplicativos aparecerão no menu, mas Favorites
estará vazio, você poderá preencher facilmente adicionando favoritos. Não use o editor de menu, isso sempre leva à perda de entradas no menu.
Se você não conseguir abrir o Thunar no menu, abra o terminal com Ctrl+Alt+T
e use o comando rm ~/.config/menus/xfce-applications.menu