Parece que seus arquivos ainda estão no Lixo. Se você não puder esvaziar isso usando o ícone da lixeira, tente o seguinte em um terminal:
rm -rf /media/<user>/<drive>/.Trash-1000
Acima, <user> é o seu nome de usuário e <drive> é o nome do seu cartão de memória USB. Por exemplo, se o seu nome de usuário for minto e a unidade tiver o nome MemoryStick , você executaria:
rm -rf /media/minto/MemoryStick/.Trash-1000
Isso deve excluir tudo na lixeira do pendrive e devolver o espaço livre.