A sua configuração BIOS / UEFI decide de qual dispositivo físico inicializar. Portanto, você não precisa desconectar as unidades para instalação ou posterior. Para alternar entre os sistemas, basta escolher na configuração do BIOS / UEFI se deve inicializar a partir do ssd ou do hdd.
Dito isto, você pode querer desconectar o hdd do Windows para a instalação do Ubuntu se você não quiser que o menu do Grub tenha uma entrada para inicializar o Windows, apesar de não ver nenhum dano nisso.
UPD : como apontado nos comentários, o instalador do Ubuntu ATM tem um bug forçando o Grub a ser instalado em qualquer drive visto como / dev / sda . Você pode reinstalá-lo mais tarde com o comando grub-install , mas ainda assim você acaba com o excesso de Grub em sda. Se isso te aborrecer, você realmente pode desligar a segunda unidade para a instalação do Ubuntu, e não se esqueça de se adicionar ao relatório de erros.