jstock está fazendo algo burro lá e procurando por java em /bin/java , que não é onde ele estaria localizado em praticamente qualquer sistema, incluindo o Ubuntu. Aqui está uma solução rápida:
Primeiro, descubra onde o Java realmente é:
which java
No meu sistema, isso é /usr/bin/java , o que faz sentido. Em seguida, criamos um link simbólico para tornar /bin/java point to /usr/bin/java
ln -s /usr/bin/java /bin/java
Agora jstock deve encontrar o Java.