Atualmente, o comportamento esperado de pip install --user no Ubuntu é instalar em ~/.local/bin , portanto, se você não quiser isso, não use a opção --user .
De acordo com o link , as novas contas de usuário criadas após o patch ter aterrissado terão $HOME/.local/bin adicionado a $PATH por padrão. Você pode verificar isso lendo o que está dentro de /etc/skel/.profile . Eu também fiz upload de um GitHubist de /etc/skel/.profile e você pode ver que a última linha lê PATH="$HOME/bin:$HOME/.local/bin:$PATH" .
Em suma, para "novas" contas de usuário, você não precisa fazer nada. Para contas de usuário "antigas", você pode anexar $HOME/.local/bin a PATH em /etc/environment , o que também afetaria as "novas" contas de usuário, mas nenhum dano é causado.