A partição do sistema / boot / efi é simplesmente a partição de inicialização criada quando a placa-mãe dos computadores executa o UEFI em vez do BIOS, conforme explicado aqui link .
Eu não acho que a partição seria afetada pela instalação de outra distro; como o instalador precisaria detectar o firmware da placa-mãe durante a instalação. Para configurar o processo de inicialização se o firmware for incompatível, o software deve avisar e interromper a instalação.
No entanto, eu faria o backup do computador primeiro e teria um live CD do Ubuntu pronto para o caso de algo dar errado. Se a distro usa o GRUB 2 como seu gerenciador de inicialização (o que o Ubuntu faz, então você não deve ter nenhum problema, pois suporta o UEFI.