O problema não é que você não tenha ctype.h porque você precisa compilar seu programa. No seu caso, depende da maneira como o gdb está localizando inclui. Talvez você precise usar "locate ctype.h" e definir dentro do gdb o diretório include como:
set substitute-path /usr/src/include /mnt/include
por favor, dê uma olhada aqui: link