O Startup-Disk-Creator funciona melhor quando é executado na mesma versão que o ISO em uso. Ele nem sequer cria com sucesso um ISO inicializável para o Ubuntu 16.04 quando executado em um sistema 14.04, portanto, a falha em 12.04 não é surpresa. Os bugs neste comportamento são anos, adicione-se às listas "isso me afeta". Como você descobriu, dd é a solução alternativa comum e, com uma mídia perfeita, funciona bem.
Os problemas do Criador de disco de inicialização resultam do uso de alguns arquivos de um sistema em execução, em vez de apenas arquivos do ISO. Esses arquivos podem ser a versão incorreta e podem falhar. Outra questão é a aparente dependência dos links do sistema de arquivos, que estão no sistema de arquivos iso9660 da ISO, mas não podem ser usados em um sistema de arquivos FAT. Apenas copiar os arquivos do ISO (montado em loop) para o sistema de arquivos USB (FAT) perde o link "ubuntu" e resulta em uma referência de argumento do kernel para "/ cdrom / preseed / ..." que não existe. Remover essa referência no grub.cfg resultará em um USB inicializável com UEFI.
O mais novo criador de mídia mkusb faz a cópia dd, com mais recursos de segurança para garantir que você selecione o destino correto.