A partir da pesquisa que tentei corrigir o problema, parece que a atualização do qt4 para o qt5 (que é usado para construir o pacote se eu acertar) não está funcionando tão bem. Há um relatório de bug no site do Ubuntu sobre isso. (Isso é o que é chamado de regressão, certo?). Então eu desinstalei novamente (com dpkg -P) [tenho alguns relatórios de falhas executáveis de unidade do Ubuntu, por algum motivo, após cada inicialização]. Então eu fui ao site texmaker e baixei a versão 4.5 para o Ubuntu 14.04. Ele precisava instalar o qt4 como dependência e, em seguida, instalado corretamente. Isso até fez com que o erro de reinicialização desaparecesse.
Quanto ao texmaker, os pdf estão sendo exibidos corretamente agora. Até os atalhos estão funcionando - eles não estavam funcionando tão bem, mas não colocaram isso aqui.
TLDR: Desinstale e instale a versão do texmaker que usa o qt4 para construir, porque o mais novo não está funcionando corretamente.