Fora dos meus vários anos de experiências com hardware real ou instâncias de nuvem, eu recomendaria que você não tentasse copiar a configuração da instalação antiga, a menos que seja algo realmente específico.
Também agora, em 2016/12, eu não recomendaria que você ficasse no Ubuntu 14.04, a menos que você tenha algo dificilmente dependendo dessa versão.
Eu tenho "scripts básicos" para diferentes tipos de instâncias, incluindo todos os pacotes básicos e configurações que eu preciso - algo como "Dockerfile" com todas as etapas de instalação. Ele inclui pacotes "obrigatórios" e garante que você tenha um ambiente estável ao criar uma nova máquina.
Apenas o caso em que realmente clonei a instância existente é uma nova réplica do mysql no GCE porque ele economiza muito tempo e todas as réplicas devem ser as mesmas.
Tão estúpido quanto parece, eu recomendo que você "crie uma máquina a partir de arranhões". Porque se você não pode resolver problemas na máquina antiga, é muito provável que você possa duplicar pelo menos alguns problemas junto com a configuração antiga.
E mais uma coisa - geralmente não é exatamente uma boa ideia rodar mysql e postgresql em uma máquina ou instância, a menos que sejam bancos de dados muito pequenos e pouco usados. Ambos os bancos de dados têm estratégias bastante diferentes para trabalhar com memória e discos e para obter um bom desempenho de ambos os bancos de dados que você precisaria mexer um pouco com suas configurações.