Você pode instalar o TLP e o Indicator-cpu, que devem refrigerar seu laptop.
sudo add-apt-repository ppa:linrunner/tlp
sudo apt-get update
sudo apt-get install tlp tlp-rdw thermald indicator-cpu
sudo start tlp
Modifique a bateria para que ela esteja sempre no modo de economia de energia.
sudo nano /etc/init.d/ondemand
Encontrar:
echo -n $GOVERNOR > $CPUFREQ
e substitua $GOVERNOR
por powersave
Reinicialize sua máquina.
sudo reboot
Eu também recomendo que você instale
sudo apt-get install intel-microcode
e pré-carga, para reduzir o uso de RAM.
sudo apt-get install preload