Este tópico no Unix stackexchange ajudou-me a descobrir uma solução temporária:
# This command removes all the lines that look like:
# alt keycode 123 = Console_1'
# ... with no additional modifiers
$ sudo dumpkeys | grep -Pv '^\s+alt(gr)?\s+keycode\s+\d+\s+=\s+(Console_|Incr_Console|Decr_Console)'|sudo loadkeys
Parece que o pacote de configuração do console do Ubuntu 16.04 armazena seu mapa de teclado em cache em /etc/console-setup/cached.kmap.gz
.
Mas não consigo descobrir qual programa gera esse "cache" em primeiro lugar. Alguma ideia? Tudo o que posso dizer é que re-running dpkg-reconfigure console-setup console-setup-linux
aciona sua regeneração.