Você pode tentar colocar o comando inteiro entre aspas para garantir que ele não seja interpretado por ssh :
ssh user@server "bash --login -c \"FILE.rb \""
Se não funcionar, verifique se todos os parâmetros de que você precisa estão realmente na variável by echo -ing antes da chamada ssh .
Exemplo de trabalho mínimo:
param="--version";
ssh user@server "bash --login -c \"git $param\""