Para instalar extensões ( .lua ), a pasta necessária é ~/.local/share/vlc/lua/extensions/ para o usuário atual e /usr/lib/vlc/lua/extensions/ para todos os usuários. Eu encontrei sobre isso aqui e aqui .
Depois de instalados, eles podem ser encontrados em "Visualizar"
(eu os coloco aqui para ilustração, eu não recomendo todos eles.)
As capas são instaladas indo em Ferramentas / Preferências (Ctrl-P) - Interface: 'Usar capa personalizada' e selecione o arquivo de capa.
UPDATE
Pelo menos por enquanto, muito poucas extensões VLSub estão realmente funcionando e vale a pena tentar; e, entre estes, a maioria não está ativamente desenvolvida, como você pode ver aqui : o melhor é o VLSub , provavelmente a melhor ferramenta atualmente para baixar legendas - ao ponto de as versões recentes do player terem integrado esse addon por padrão (mas no VLC 2.2.2 que está desatualizado e parou trabalhando: veja abaixo).
VLC 2.2. tem a capacidade de pesquisar e instalar extensões dentro de suas configurações, sob Ferramentas-Plug-ins e extensões :
Só que nem sempre instala a versão mais recente que é necessária para que a extensão realmente funcione, nesse caso, baixe o script do desenvolvedor (para VLSub, aqui ) e instale-o como indicado na primeira parte desta resposta.
Se os complementos que vêm com o player precisarem ser substituídos, procure-os em /usr/lib/vlc/lua/extensions/ .