Provavelmente, as permissões ou propriedade de arquivos e diretórios em seu diretório pessoal ficaram confusas.
Para corrigir a propriedade, devolvendo-a ao seu usuário atual para todos os arquivos em seu diretório pessoal, você pode executar esse comando em um terminal (solicitará sua senha de administrador):
sudo chown -R $USER: ~
Se o problema não for propriedade, mas permissões, você deve fornecer a saída de ls -l ~
para que possamos ver a listagem de arquivos / diretórios do seu diretório pessoal e verificar quais permissões estão provavelmente erradas. Simplesmente redefinir todas as permissões para um novo valor não seria bom aqui.