Primeiro, verifique se você tem o FFmpeg e os codecs extras instalados.
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Xenial Xerus este comando deve ser suficiente:
sudo apt-get install ffmpeg libavcodec-extra
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Em Trusty Tahr este guia deve ser seguido:
Então, para Trusty ou Xenial, o seguinte comando converterá seu vídeo de entrada para lossless H.264 em um contêiner mp4:
ffmpeg -i input -c:v libx264 -preset veryslow -qp 0 output.mp4
O arquivo será bem grande e o vídeo será sem perdas, mas esteja ciente de que o valor da conversão para lossless depende muito da qualidade do seu arquivo inicial .
Nem o Totem nem o vlc devem ter problemas ao reproduzir esse arquivo. Você poderia experimentar um pouco com o huffyuv:
-c:v huffyuv
mas você pode achar que esses arquivos são maciços para os resultados sem dúvida os mesmos que o H.264 sem perdas ...
Referências: