Eu não acho que há uma maneira de fazer isso com o Thunar. No entanto, você pode fazer:
sudo chmod o-x <folder>
O que manterá os usuários que não têm privilégios de usuário ou grupo para a pasta de descer para a pasta. Não faça isso no diretório / home, porque o usuário não poderá acessar seu diretório pessoal. Você pode tentar remover o acesso de leitura ao diretório / home:
sudo chmod o-r /home
Isso impedirá que os usuários vejam as pastas de qualquer outro usuário, mas eles ainda verão sua própria pasta pessoal.