Você pode usar o samba / cifs para compartilhar qualquer diretório e seu subdiretório com o Windows.
Um problema que você pode encontrar, no entanto, é o término de linha em arquivos de texto e páginas de códigos. O Windows move-se naturalmente para a página de códigos 1252, mas o Linux / Ubuntu será padronizado para UTF8. Assegure-se de que todos os programas que acessam os arquivos possam reconhecer e alterar a mesma página de código e terminações de linha e isso funcionará.