Você quer estar no diretório controlado pelo git quando git bundle
é executado, então use find ... -execdir ... \;
find /home/mysys/D/ -type d -name .git -prune -execdir git bundle create backup.bundle --all \;
Isso criará um backup.bundle em todos esses diretórios. A partir daí, você pode movê-los ou processá-los com mais scripts. Mas o lado empacotado das coisas é tratado.