Eu uso o Kubuntu 14.04.1 LTS e posso rolar uma janela de plano de fundo sem que ele chegue ao primeiro plano , usando a roda de rolagem do mouse. Tudo o que faço é passar o cursor do mouse sobre uma parte visível da janela que quero rolar e rolar a roda. Isso na área de trabalho do KDE / Plasma, que é o único Ubuntu que usei, então não sei se a capacidade existe em outros ambientes de desktop do Ubuntu.