Que tal
n=1
while IFS= read -r newname; do
printf -v oldname 'Track %d.wav' $((n++))
echo mv -vn "$oldname" "$newname"
done < "filenames.txt"
em que filenames.txt
é o nome do arquivo no qual você digitou os novos nomes desejados.
Se parece estar fazendo a coisa certa, remova o echo
e execute-o novamente para realmente renomear os arquivos